The Open Door: 2006–2009

Em seguida, Amy processa seu empresário Dennis Rider, por assédio sexual e o guitarrista Terry Balsamo tem um acidente vascular cerebral. Apesar dele ter se recuperado rapidamente, isto adiou o lançamento do álbum seguinte. Apenas no início de 2006, a banda confirmou o lançamento para o dia 3 de outubro e divulga seu nome: The Open Door (em português A Porta Aberta).

Pouco antes de seu lançamento, Will Boyd decide sair da banda, afirmando que precisa passar mais tempo com a família. Ele é substituído às pressas por Tim McCord. Pouco depois, a banda lança o primeiro single deste álbum, "Call Me When You’re Sober".
O álbum tem a maioria das músicas compostas por Amy e Terry e é um álbum mais pessoal e maduro, nas palavras de Amy, o que não deixou de agradar os fãs no mundo inteiro.
O álbum, que até o momento vendeu mais de sete milhões de cópias mundialmente,^[11] ficou mais de cem semanas na lista dos álbuns mais vendidos da Billboard,^[12] e ganhando um disco de platina nos Estados Unidos, além da classificação de "Álbum do Ano" na Austrália.^[11]Em plena semana de estréia, nos Estados Unidos, foram vendidos até às 14:48 de 10 de outubro de 2006 cerca de 407.883 mil cópias do disco,^[13] o que foi suficiente para o álbum estrear em primeiro lugar na BillBoard e permanecer em primeiro por três semanas. Na sua segunda semana, aproximadamente 725 mil cópias foram vendidas. Em 8 de novembro de 2006, a banda ganhou um disco de platina nos Estados Unidos.^[14] De acordo com o United World Chart, The Open Door vendeu 1,758,797 milhões de cópias só nos Estados Unidos até 11 de julho de 2007^[15] e 4,63 milhões mundialmente até 24 de março de 2007.^[16]
Em maio de 2007, Amy Lee despede John LeCompt da banda, pois, segundo ela, ele se preocupava com o seu projeto alternativo, a banda Machina. Rocky Gray também sai da banda, sem uma explicação.^[17] Expecula-se que ele saiu devido ao seu amigo, John, ter sido despedido. Então os dois retomam o Machina. São arranjados substitutos provisórios para eles, Will Hunt como baterista e Troy McLawhorn como guitarrista.
Em julho, é anunciado o nome do quarto single e clipe do The Open Door, desta vez a faixa escolhida foi a "Good Enough", última faixa do álbum. O clipe oficial, saiu em 10 de setembro de 2007, tem 4:44 ao todo, e tem efeitos especiais. No dia 18 de junho de 2008, Amy Lee se apresentou no evento NMPA onde foi premiada por suas composições, segundo fãs presentes, Amy tocou as canções "Lithium" e uma nova canção escrita por ela, apelidada pelos fãs de Wait Forever (nome verdadeiro é Your Love), isso fez com que muitos fãs ficassem entusiasmados com a esperança de um novo álbum..